Из чего складывается цена ДНК анализа на глазные заболевания?

Во-первых, нужно забрать биологический материал тестируемого (лучше всего подходит венозная кровь). Рыночная цена взятия крови из вены 150 – 200 рублей в пробирку с ЭДТА, (цена ее 6 рублей), далее нужно доставить материал в лабораторию в охлажденном контейнере. Цена зависит от дальности доставки.

Далее нам нужно узнать последовательность гена или генов, вызывающих заболевание. Определение последовательности нуклеотидов гена называется секвенированием, а сама последовательность – сиквенсом. Цена зависит от того, сколько и каких генов нужно секвенировать для того, чтобы узнать молекулярную причину заболевания. Например, чтобы подтвердить носительство гена ретинобластомы достаточно проверить на наличие мутаций один ген RB1, а для максимально точного определения генетической причины синдрома Ашера (снижение слуха и зрения – периферические дистрофии сетчатки) нужно проверить минимум 9 генов: CDH23 , CLRN1 , DFNB31 (WHRN) , GPR98 , MYO7A , PCDH15 , USH1C , USH1G , USH2A , мутации в которых доказанно приводят к развитию синдрома Ашера.

Далее. Гены бывают разными: короткими или длинными, с разным количеством экзонов (от одного до нескольких сотен экзонов в гене). Экзоны – это те участки гена, с которых синтезируется белок, и потому мутации в них влияют на структуру белка, а следовательно и на течение заболевания. За редким исключением клинически нам важно знать наличие мутаций именно в экзоне, мутациями в интронах (не кодирующих белок участках ДНК) чаще всего можно пренебречь (на сегодняшнем уровне развития науки).

Например, в гене миоцилина находится 3 экзона, а в гене GPR98 – 112 экзонов! Каждый экзон секвенируется отдельно, поэтому на каждый экзон нужны два праймера. Праймер – короткая последовательность ДНК/РНК (20-30 нуклеотидов), который служит началом, площадкой «посадки» ДНК-полимеразы для секвенирования. На каждый участок нам необходимо два праймера, так как необходимо свести погрешность прочтения последовательности к минимуму (ведь результаты наших анализов влияют на судьбы людей), поэтому мы читаем ген с двух сторон: с одной, затем с другой, и на начало с каждой стороны нужен один праймер. Рыночная стоимость одного праймера 300 рублей. Причем при разработке теста может потребоваться несколько проб праймеров, чтобы понять, какой из них лучше всего работает. Хорошая новость состоит в том, что одного праймера хватает приблизительно на 2000 анализов, так что поиск и заказ его можно считать одноразовой или редкой инвестицией.

Мы секвенируем гены методом Сенгера. Почему? Потому что это самый точный, дешевый и проверенный десятилетиями метод. Коротко (1 мин) и наглядно описана суть метода секвенирования по Сенгеру в этом видеоролике:

Мы так же, как и Вы, с нетерпением ждем появления высокоточного и дешевого способа секвенировать весь геном сразу за небольшую сумму, чтобы одним разом проверить все и сразу. Мы уверены, что такие методы появятся в обозримом будущем, что, конечно же, скажется на ценообразовании генетических тестов. Однако те методы, которые имеются на сегодняшний день, не удовлетворяют нашим запросам. Например, NGS ( next generation sequencing ) с помощью прибора фирмы Illumina (стоимостью 1 млн. долларов США) можно секвенировать геном человека целиком за три недели за 160 тысяч рублей (в Пекинском институте генетики), однако точность такого метода составляет 60%. То есть, каждые 60 нуклеотидов из ста будут известны, остальные 40 – нет. Такая точность не подходит для целей диагностики и лечения генетически обусловленных глазных заболеваний, поэтому мы пользуемся секвенированием по Сенгеру.

Секвенирование каждых 700 пар нуклеотидов методом Сенгера стоит 300 – 500 рублей на рынке. Это означает, что если экзон гена длиннее 700 пар нуклеотидов, то соответственно его длине нужно каждые 700 шагов применять новый праймер (с двух сторон) и проходку секвенирования (так же с двух сторон). Узнать количество и длину экзонов любого гена легко можно узнать в международной базе данных pubmed gene. Подробная инструкция об этом здесь: http://oftalmic.ru/pubmed-gene-manual.php. Для "глазных" генов я собрала в одной таблице их длину и количество экзонов.

По прямым и косвенным клиническим признакам необходимо максимально точно определить гены, которые могут быть вовлечены в развитие болезни, чтобы проводить минимальный возможный набор генетических тестов, руководствуясь клиническими данными.

Мы понимаем, что цены на некоторые виды тестов очень высоки (по перечисленным выше причинам), например, только для диагностики синдрома Ашера необходимо секвенировать 9 генов, в одном из которых 112 экзонов, в другом 70, в третьем 49, в четвертом 12, в пятом 6, в шестом 35 экзонов, в седьмом 27 экзонов, в восьмом 72 экзона и в девятом 3 экзона и не все экзоны короче 700 пар нуклеотидов. Поэтому мы рассматриваем различные варианты проведения диагностики: рассрочку с постепенным секвенированием генов по мере оплаты, причем биологический материал забирается один раз на все анализы, мы используем ранее полученную от пациента ДНК. Кроме того, мы можем проводить проверку на «горячие точки» то есть мы можем проверять гены на самые часто встречающиеся мутации, тогда цена на анализы значительно снижается, а мы сможем сказать, есть ли у сдавшего анализ человека мутация, которая встречается (например) в 35% случаев данного заболевания или нет (по данным литературы).

Мы описали процесс предоставления услуги и что входит в ее себестоимость.

Если добавить ко всему инвестиции в R&D (research and development - новые разработки) и организационные расходы, связанные с проведением диагностики, то получится сумма, указанная в прайс-листе.

Материал подготовила Марианна Иванова, сентябрь 2012 г.